A következő rész története a háború utáni újjáépítés jeleinek közepette, 2028 telén játszódik. New Port Cityben feszültségek alakulnak ki, miközben tüntetések zajlanak a külföldi kartellek érdekei miatt. Ez lövöldözéshez vezet, amelybe a rohamrendőrség is beavatkozik. Az egész egy kiberagy-fertőzéssel kezdődött, amelyet a „Tűzgyújtó” terrorista terjesztett el. A Motoko Kusanagi vezette független támadó egység a szellemeikre bízza a helyzet rendezését, és saját igazságszolgáltatásra törekszik. Az incidens felszíne alatt ott rejlik a „bádoglány” Emma és a „madárijesztő férfi” Burinda Junior. Ahogy Kusanagi az incidenssel foglalkozik, egyre közelebb kerül ahhoz, amit azok a két szellemek kerestek.
