In de nasleep van de Fourth Impact, gestrand zonder hun Evangelions, vinden Shinji, Asuka en Rei hun toevlucht op de geruïneerde planeet Aarde. Daar leeft elk een leven dat heel anders is dan hun dagen als Evangelion-piloot. Het gevaar voor de wereld is echter nog lang niet voorbij. Een nieuwe impact doemt op aan de horizon - een die het ware einde van Evangelion zal blijken te zijn.
