Na de vernietiging van de aarde door mysterieuze buitenaardse levensvormen die bekend staan als Gauna, ontsnapten de rest van de overlevenden van het menselijk ras de ruimte in aan boord van het enorme generatieschip Sidonia. Na millennia in de ruimte te hebben rondgezworven, wordt Sidonia voor het eerst in een eeuw opnieuw aangevallen door de Gauná.
