Iedereen ter wereld gebruikt smartphone-apps, maar daarbinnen schuilen onbekende wezens genaamd App Monsters of "Appmon". De Appmon zijn AI-levensvormen met het vermogen om te denken en te handelen, en bevinden zich op de grens tussen de menselijke wereld en de digitale wereld. In de uitgestrekte zee van het internet neemt de "schurkachtige AI", ook bekend als Leviathan, de controle over de Appmon met het L-virus over en begint elk systeem te hacken, waardoor hij de controle over de menselijke wereld overneemt van de wereld van het net. Haru Shinkai wordt ertoe aangezet de Appli Drive te bemachtigen en gebruikt deze om Gatchmon, een zoek-Appmon, te materialiseren.
