Cientistas trabalham para criar o mais forte e poderoso pokémon de todo o planeta. Os seus esforços têm resultado quando Mewtwo, um pokémon de poderes psíquicos, ganha vida. Só que a criatura se revolta e destrói o laboratório onde foi criado e resolve convocar uma batalha contra os maiores treinadores de pokémons para poder conquistar o planeta.
