Yellow Submarine conta a história de Pepperland: um paraíso quase terrestre que fica a 80 mil léguas no fundo do mar, uma terra quase sem inverno, onde a brisa leva a toda parte o som da música e das risadas e onde ninguém se sente só, pois a Banda do Sargento Pepper está sempre tocando a sua música. Até que um dia o Líder dos Maldosos Azuis, que detestava todo tipo de música, decide varrer Pepperland do mapa, deixando-o sem cor e sem som. Mas, navegando em um submarino amarelo e depois de várias aventuras, como navegar pelo mar do Tempo, pelo mar dos Monstros, e o mar dos Buracos, os Beatles chegam para trazer a paz e a música de volta a Pepperland.
