Desde a morte do homem que se acreditava ser o imperador mais perverso da Britânia, há um ano, o mundo goza de uma paz sem precedentes sob a orientação da Federação das Nações Unidas. No entanto, esta frágil calma é abalada quando militantes armados raptam com sucesso a ex-princesa Nunnally vi Britânia e Suzaku Kururugi, o principal conselheiro dos Cavaleiros Negros, desencadeando uma crise internacional. O poderoso e pouco fiável Reino de Zilkhstan é acusado de orquestrar a captura. Para investigar, as autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e os seus associados numa operação secreta no país. Lá, encontram a bruxa imortal C.C., que está numa missão para completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história, uma lenda que se vai erguer, assumir o comando e salvar o mundo do perigo mais uma vez.
