Após a conclusão do Koshien da Escola Secundária Vanguard, Kouji Ibuki começa a ter novos pesadelos. Nome Tatsunagi faz Suiko chamá-lo para a mansão onde descobrem que ele pode ver uma Torre Sombria chamada Santuário. O Santuário está a causar alterações na linha do tempo ao longo da história, e a única forma de corrigir isso é Kouji primeiro corrigir o seu erro futuro. Agora, Kouji e Suiko têm de viajar pelo mundo paralelo, e observar enquanto as Raparigas Mágicas Emi Sendou e Shuka convocam unidades Vanguard para ajudar a corrigir a história. Infelizmente, os dois não podem ajudar muito, já que lutar contra monstros reais em Cardfighting não traz grande benefício.
