เนื้อเรื่องเป็นเรื่องเกี่ยวกับนักวิทยาศาสตร์กลุ่มนึงได้ค้นพบที่ตั้งของแอตแลนติสที่ในเรื่องค้นพบว่าไม่ได้ตั้งและสูญหายไปจากโลก แต่อยู่บนดาวดวงอื่น นักวิทยาศาสตร์และกลุ่มทหารเดินทางผ่าน stargate เพื่อไปสำรวจ แต่กลับต้องไปติดอยู่ที่แอตแลนติสซึ่งอยู่ในกาแลคซี่เพกาซัสเพราะไม่มีพลังงานเพียงพอที่จะใช้เดินทางกลับโลก ที่ไกลมากๆ จึงต้องใช้ stargate ไปตามดาวต่างๆ ใกล้ๆ เพื่อตามหา ZPM หรือ Zero Point Module มาเป็นพลังงานมหาศาลสำหรับ stargate และต้องเผชิญหน้ากับเรธ (Wraith) ศัตรูตัวใหม่ที่ทรงพลัง ที่กินความกลัวของมนุษย์เป็นอาหาร!
